MOTOR es una unidad dentro de COPAS Coastal que se orienta a gestionar los activos físicos y personal técnico del Centro, difundir el conocimiento científico de dos décadas del Centro y proveer servicios a organizaciones públicas y privadas, mediante asistencia técnica especializada, capacitación y proyectos de innovación colaborativos, en los temas de desarrollo tecnológico (equipos, instrumentos y know how para recopilación de datos en el océano), modelación oceanográfica y meteorológica, modelación del ecosistema marino, estudios del ecosistema marino, de regulaciones, de vulnerabilidad y sustentabilidad, entre otros.

MOTOR espera constituirse en un agente que, mediante la vinculación con organizaciones públicas y privadas, aporte en el desarrollo de iniciativas que propendan a recoger necesidades del entorno y a la transferencia de conocimiento, tecnología y competencias, mirando al océano como parte del identitario nacional, ecosistema natural y reserva de recursos lo que, mediante una gestión sostenible, es fundamental para el desarrollo del país.